何とか巨大迷路を脱出したトーマスたちは、謎の組織・WCKD（ウィケッド）によって選ばれた人間だと知らされる。やがて収容された施設の実態を目の当たりにした彼らは脱走を決意。だが彼らの前に立ちふさがるのは、攻略不能な罠が潜む砂漠の迷宮だった。