手にした者の願いを叶えるという聖杯を奪い合い、選ばれた七組の魔術師と使い魔が最後の一組となるまで殺し合う聖杯戦争。遠坂凛はアーチャーを召喚し聖杯戦争に参加する。だが、彼女は衛宮士郎と共に聖杯戦争に仕組まれた陰謀と戦うことになる…。