謎の巨人によって文明が破壊されて100年。人類は強固な防御壁に囲まれて暮らしていたが、超大型巨人によって外壁が壊され、そこから侵入した巨人たちによって多くの人が犠牲になる。この後、調査団に入った青年エレンは外壁を修復する任務に就くが…。